稀有精灵主要包括传说中的三神鸟——闪电鸟、火焰鸟和急冻鸟，以及超梦、梦幻、凤王、洛奇亚等传说中的宝可梦。迷你龙、卡比兽、乘龙等虽然不是神兽，但出现概率极低，同样属于稀有精灵范畴。色违精灵（闪光精灵）更是稀有中的稀有，遇到的概率通常低于1/8000，是许多训练师长期追寻的目标。
闪电鸟位于无人发电厂最深处，火焰鸟栖息于1号岛的灯火山顶，而急冻鸟则需要玩家在双子岛通过推岩石堵住瀑布后才能见到。超梦作为游戏中最强的传说精灵，隐藏在华蓝洞窟底层，需掌握冲浪和攀瀑技能才能抵达。梦幻的获取方式更为特殊，需要通过特殊活动或隐藏剧情触发，通常出现在红莲岛边上的特定房屋内。凤王和洛奇亚分别位于1号岛山顶和3号岛右侧的草丛中，需完成特定剧情才能遭遇。
非神兽类稀有精灵中，迷你龙出现在狩猎区的特定水域，需使用高级钓竿反复尝试；卡比兽通常挡在特定道路中央，需唤醒后才能对战；乘龙则仅在周五的特定水域出现。这些精灵虽非传说级别，但因极低的出现率或特殊获取条件，成为玩家通关后的重点收集目标。色违精灵的外观与普通个体存在颜色差异，但能力值并无区别，其稀有性纯粹源于极低的自然遭遇概率。
捕捉稀有精灵时需注意策略，优先使用睡眠或冰冻状态技能提高成功率，并搭配高级球或大师球。三神鸟和超梦等传说精灵通常等级较高且技能强力，建议队伍平均等级达到50级以上再尝试挑战。狩猎区内的稀有精灵则需耐心消耗步数并合理分配狩猎球。色违精灵的捕捉更依赖运气，但可通过连锁遭遇或特定方法提升出现概率。
火红版的稀有精灵设计兼顾了探索乐趣与挑战性，其分布与获取方式均与主线剧情或隐藏任务紧密关联。完成全图鉴收集需投入大量时间研究栖息地规律和战斗策略，这也是该游戏长盛不衰的核心魅力之一。
