口袋妖怪火红的二周目开启始于一周目通关后，玩家在观看结局动画后会回到真新镇的家中，新的冒险由此启动。此时游戏并未立即进入全新的岛屿剧情，而是需要一个前置条件来触发后续内容，这个关键节点在于玩家对宝可梦图鉴的收集进度。游戏会检测玩家在当前存档中已收服的宝可梦种类数量，这是推进二周目剧情的第一个也是最重要的门槛。在满足特定条件后，主线剧情才会从熟悉的关都地区扩展到全新的七岛区域，展开一系列以寻找重要道具和解决火箭队残余势力为核心的新故事。
开启二周目剧情流程的核心条件是收服至少60种不同的宝可梦。当玩家从家中出来后，大木博士会主动前来寻找主角并询问图鉴的收集情况。如果已收服的宝可梦种类达到了60种或以上，大木博士会带领主角前往他的研究所，将原有的关都图鉴升级为全国图鉴，这是开启后续所有新内容的基础。倘若尚未达到这个数量，玩家则需要先去野外捕捉宝可梦以满足条件，之后再前往研究所完成图鉴升级。完成升级后，如果试图再次挑战精灵联盟，会发现四天王之一的科拿暂时离开了席位，这标志着传统的冠军之路挑战暂时关闭，新的冒险方向已经转移。
图鉴升级完成后，二周目的主线任务便正式展开。玩家需要前往枯叶市的港口乘船，抵达一之岛。在一之岛的网络中心与特定的NPC对话，会得知他们正在修复的通讯系统缺少一块关键的红宝石，从而接到寻找红宝石的任务。根据线索，玩家需要从一之岛右侧冲浪前往灯火山，并在山腰处的洞穴深处找到这块红宝石，在此过程中可能遭遇并收服传说宝可梦火焰鸟。将红宝石带回给网络中心的NPC后，对方会告知还需要另一块对应的蓝宝石，并交给主角彩虹通行证或七岛的船票，至此玩家便可以自由往返于关都地区与七岛之间，二周目的探索地图完全开放。
获取通行能力后，接下来的游戏进程主要围绕寻找蓝宝石和解散火箭队残余势力展开。玩家需要依次探索各个岛屿，例如在四之岛会遇到劲敌小茂并发现科拿的住所，在冰洞深处帮助科拿击败火箭队成员后获得前往五之岛的线索。在六之岛的特定洞穴中寻获蓝宝石时会被火箭队成员夺走，之后需要凭借获得的密码前往五之岛的火箭队仓库击败首领，夺回蓝宝石。最后将蓝宝石带回一之岛的网络中心，完成通讯机器的修复，这条核心任务线便告一段落。在此过程中，玩家还会在各个岛屿接触到如获取宝可梦蛋、探索记号森林和变化洞窟、挑战训练师之塔等丰富的支线内容与地点。
完成七岛的主要剧情后，二周目仍提供了大量的可游玩内容供玩家深入探索。这包括捕捉之前未被收服的传说宝可梦，例如前往无人发电厂寻找闪电鸟，前往双子岛寻找急冻鸟，以及最终前往华蓝市通过冲浪进入的华蓝洞窟最深处，收服等级高达70的超梦。玩家此时可以返回精灵联盟，挑战实力增强后的四天王与冠军，他们的宝可梦队伍等级相比一周目有显著提升，构成了更高难度的终极挑战。通过这些内容，二周目有效地扩展了游戏的深度与可玩性，让玩家在熟悉的关都大地之上继续书写成为宝可梦大师的旅程。
